天然記念物が多数存在し、保護が必要と判断された区域のことを天然保護区域と言います。この天然保護区域は全国各地に存在しており、貴重な動植物が存在する場所として知られています。
北海道はさすがに多く、「釧路湿原」と「大雪山」「沙流川源流原始林」「松前小島」「標津湿原」と５の区域が指定されています。
東北では青森県から秋田県にまたがる「十和田湖・奥入瀬渓流」、山形県の「月山」の２ヶ所が指定されています。
関東地方では群馬県にある「上野楢原のシオジ林」、東京都の「鳥島」と「南硫黄島」の３ヵ所。また、歌でもおなじみ、福島県・群馬県・新潟県にまたがる「尾瀬」も天然保護区域です。
北陸・中部・東海地方には富山県の「黒部峡谷附猿飛・奥鐘山」、長野県の「上高地」と「黒岩山」、三重県の「大杉谷」があります。
九州・沖縄も天然保護区域が多い地域です。長崎県の「阿値賀島」「男女群島」、宮崎県の「双石山」、鹿児島県の「稲尾岳」「神屋・湯湾岳」、沖縄県では「星立天然保護区域」「仲間川天然保護区域」「与那覇岳天然保護区域」があります。
こういった天然保護区域にアマミノクロウサギやニホンカモシカといった貴重な天然記念物が生息・存在しているのです。自然破壊が深刻している現在、これらの区域の重要性は非常に大きなものがあるのです。